بخش NICU (مراقبت های ویژه نوزادان) در طبقه دوم در مجاورت بخش کودکان، جراحی زنان و CCU قرار دارد.این بخش دارای هفت تخت احیا، چهار انکباتور، یک انکباتور فتوتراپی، یک فتوتراپی دوار، پنج فتوتراپی چهار لامپه پرتابل، چهار ونتیلاتور و سه NCPAP است.

کلیه تخت مجهز به مانیتورینگ، ساکشن و اکسیژن سانترال هستند. بهره‌گیری از بهترین تجهیزات روز دنیا، به کارگیری پرسنل ورزیده و استفاده از داروی سورفکتانت،  سبب آسودگی خیال مددجویان شده و امید به حفظ فرزندان سالم- که بعضا بسیار زودتر از موعد متولد شده‌اند- به خصوص در والدینی که سال‌های سال در آرزوی فرزند بوده‌اند، بیشتر شده است. وجود پزشکان فوق تخصص مجرب در رشته مراقبت‌های ویژه نوزادان، برای مشکلات تنفسی حاد، باعث بالا بردن کیفیت ارائه این خدمات شده است.

بخش NICU بیمارستان فوق تخصصی قائم (عج) در نوع خود بی‌نظیر است. با توجه به اینکه تاکنون در هیچ مرکز خصوصی، بخش مراقبت های ویژه نوزادان وجود نداشته است، وجود این بخش و حضور پزشکان حاذق فوق تخصص نوزادان و پزشکان مجرب مقیم که در داخل بخش به طور 24 ساعته و سه شیفت کامل برای ارائه خدمات فوق تخصصی آماده خدمت‌رسانی هستند، به پزشکان متخصص زنان و زایمان و بیماران آنان امنیت کامل می دهد که اگر احیانا زایمان، زودتر از موعد مقرر صورت بگیرد و نوزاد نارس باشد، با هیچگونه مشکلی مواجه نخواهد شد. همچنین وجود سرپرستار و پرستاران بسیار حاذق و باتجربه و مجهز بودن این بخش به مدرن‌ترین و پیشرفته ترین ونتیلاتورهای نوزاد، همچنین دستگاه‌های مانیتورینگ پیشرفته، بخش NICU بیمارستان فوق تخصصی قائم (عج) را به یکی از بخش‌های نمونه بیمارستان تبدیل کرده است. وجود این بخش باعث شده است که حتی پزشکان زنان و زایمان غیرسهام دار بیمارستان نیز در مواردی که بیمارشان دچار زایمان زودرس و یا نوزاد وی دچار مشکل می‌شود، ترجیح دهند که زایمان بیمارشان را در این بیمارستان انجام دهند.

بخش NICU بیمارستان فوق تخصصی قائم (عج) یکی از افتخارات این بیمارستان است که موفق شده است نوزاد با وزن زیر 500 گرم را به زندگی برگرداند و هم اکنون این کودک به حیات خود ادامه می‌دهد. در حالیکه اگر این بخش نبود، این چنین نوزادانی قطعا حتی یک روز نیز قادر به ادامه زندگی نبودند.