بخش آندوسکوپی در طبقه (همکف) بیمارستان در مجاورت آزمایشگاه واقع شده است. در این بخش خدماتی از جمله آندوسکوپی (گاتروسکوپی)، کولونوسکوپی، پولیپکتومی، بالون گذاری معده، OEG گذاری (در بیمارانی که تغذیه از راه دهان و NGT برای آن ها ممکن نیست)، درآوردن جسم خارجی و انجام پروسیجر بالون آشالازی و باندلیگیشن و گذاشتن استنت برای بیماران توسط پزشکان فوق تخصص گوارش انجام می گیرد.

در این بخش دستگاه های آندوسکوپی و کولونوسکوپی نوع اولیمپوس و فوجینون با کیفیت عالی-که دارای سیستم NBI است- توانایی تشخیص بافت سرطان را در مراحل بسیار اولیه دارد که با دستگاه های آندوسکوپی معمولی قابل شناسایی و تشخیص نیست. این دستگاه برای اولین بار در شمال کشوردر این بیمارستان مورد استفاده و بهره برداری قرار می گیرد و باعث تشخیص زودرس بافت های سرطانی در مراحل اولیه می شود.باتوجه به اینکه کانسرهای دستگاه گوارش جزء شایع ترین کانسرها به ویژه در مردان است، تشخیص زودرس آن در آندوسکوپی و همچنین در کلینیک چکاپ میتواند کمک بسزایی برای افزایش عمر شهروندان عزیز باشد.

بخش آندوسکوپی بیمارستان فوق تخصصی قائم (عج) با داشتن پزشکان فوق تخصصی گوارش بسیار خوشنام و مجرب، همچنین با بهره گیری از پرستاران با تجربه یکی از بخش های بسیار پیشرفته و مدرن بیمارستان محسوب می شود.